Základné moduly S7-1200 majú pokročilý systém diagnostiky. CPU nepretržite monitoruje stav všetkých vstupov, výstupov a pripojených modulov. Ak sa vyskytne chyba, napríklad prerušenie vodiča, skrat alebo výpadok napájania, systém okamžite zapíše udalosť do diagnostického buffra a rozsvieti príslušnú LED kontrolku.

Používateľ môže chyby sledovať cez rozhranie TIA Portal → Online & Diagnostics, kde sú zobrazené všetky udalosti vrátane času, typu chyby a postihnutého modulu. Okrem toho CPU podporuje aj diagnostické OB bloky, ktoré umožňujú reagovať programovo na konkrétne poruchy.

S7-1200 ponúka aj ochranu prístupu pomocou hesla, tzv. Know-How Protection, ktorá chráni program pred neautorizovaným čítaním alebo kopírovaním. V prípade potreby je možné použiť aj Copy Protection, ktorá viaže program na konkrétnu pamäťovú kartu alebo CPU.